Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας τής Φιλεκπαιδευτικής Εταιρείας ιδρύθηκε το 1993 στον χώρο των Αρσακείων Σχολείων Ψυχικού, ύστερα από απόφαση τού Διοικητικού Συμβουλίου τής Φ.Ε. και τού πρόεδρου καθηγητή κ. Γεωργίου Μπαμπινιώτη. 

Η ιδέα για την ίδρυση ενός Φυσιογραφικού Μουσείου τής Φιλεκπαιδευτικής Εταιρείας έχει τις ρίζες της στα πρώτα χρόνια λειτουργίας των Αρσακείων, καθώς το 1883 ιδρύθηκε στο Αρσάκειο Μέγαρο, “εν τω δεξιά τής εισόδου τού Αρσακείου δωματίου”, Φυσιογραφικό Μουσείο, το οποίο χρησίμευε και ως αίθουσα συζητήσεων. Πρώτος ο Γεώργιος Μελάς, γιος τού Αντιπροέδρου Μιχαήλ Μελά, προσέφερε τη συλλογή “Ζωοφύτων και κοχυλιών”, ενώ συγχρόνως αγοράστηκε μεγάλη σειρά φυτολογικών και ζωολογικών εικόνων.

Πολλά χρόνια αργότερα, η ιδέα για την ίδρυση Μουσείου προτάθηκε και πάλι από την τότε καθηγήτρια τής Παιδαγωγικής Ακαδημίας κ. Ε. Αποστολάτου-Καργάκου, οπότε και ιδρύθηκε το σημερινό Μουσείο Φυσικής Ιστορίας. Αν και το Μουσείο είναι σχετικά μικρό σε έκταση, οι συλλογές του είναι πλούσιες και καλύπτουν τον κύριο στόχο του, που είναι η συμβολή του στην προώθηση των φυσικών επιστημών.

Το Μουσείο περιλαμβάνει σπάνιες συλλογές από πεταλούδες και άλλα έντομα, θηλαστικά, ερπετά, πτηνά (περίπου 65 διαφορετικά είδη), απολιθώματα, ορυκτά, πετρώματα και όστρακα. Ιδιαιτέρως αναφέρουμε τα απολιθώματα: Archaiopteryx, στρωματόλιθο ηλικίας 3,5 δισεκατομμυρίων ετών, αμμωνίτη, απολιθωμένο ψάρι Actionella ηλικίας 350 εκατομμυρίων ετών, τα θηλαστικά άλκη, μυρμηγκοφάγο και opossumτον κροκόδειλο και τον πύθωνα καθώς και τα υπό εξαφάνιση ζώα, όπως είναι η αθηναϊκή κουκουβάγια, ο θαλασσαετός, ο γυπαετός, η θαλασσοχελώνα Caretta-Caretta, ο ροδοπελεκάνος, οι ερωδιοί, η Τυτώ (Tyto Alba) κ.ά.

Σε άλλο τμήμα τού Μουσείο μπορεί κανείς να θαυμάσει τη συλλογή πετρωμάτων, η οποία περιλαμβάνει αμέθυστο, αραγωνίτη, βωξίτη, ροζ χαλαζία, βιομηχανικά ορυκτά, ορυκτό αλάτι κ.ά. Στο ίδιο τμήμα υπάρχουν και θαλάσσιοι οργανισμοί, όπως κοράλλια, ανθόζωα, εχινοειδή, δίθυρα και γαστερόποδα.

Νέο έκθεμα αποτελεί ο αναλογικός σεισμογράφος, ο οποίος παραχωρήθηκε από το Γεωδυναμικό Ινστιτούτο Αθηνών για εκπαιδευτικούς σκοπούς. Επίσης, στο αίθριο τού Μουσείου στεγάζεται μετεωρολογικός κλωβός.

Οι συλλογές εμπλουτίζονται είτε από αγορές τής Φ.Ε. είτε από δωρεές γονέων, καθηγητών και μαθητών των Σχολείων τής Φ.Ε. 

Με βασικό άξονα την ευαισθητοποίηση των επισκεπτών ως προς την διατήρηση τού περιβάλλοντος, το Μουσείο διοργανώνει εκπαιδευτικά προγράμματα για μαθητές ηλικίας 5-18 ετών.

Τα εκπαιδευτικά προγράμματα τού Μουσείου συνδέονται με το αναλυτικό πρόγραμμα που προτείνει το Υπουργείο Παιδείας. Με τον τρόπο αυτό η γνώση που λαμβάνουν οι μαθητές κατά τη διάρκεια τού προγράμματος μπορεί να επεκταθεί και στην τάξη, ώστε η επίσκεψη να μην αποτελεί μια τυχαία και αποκομμένη δράση. Σήμερα εκπονούνται περισσότερα από 20 διαφορετικά εκπαιδευτικά προγράμματα, τα οποία αξιοποιώντας τις νέες τεχνολογίες εμπλουτίζονται και ανανεώνονται κάθε σχολική χρονιά, ενώ σχεδιάζονται και νέα στο πλαίσιο των μαθημάτων τής Μελέτης Περιβάλλοντος, τής Γεωγραφίας, τής Φυσικής, καθώς και τής Γεωγραφίας- Γεωλογίας.

Νέα εκθέματα 2013-14
Διάφορα νέα εκθέματα υποδέχθηκε το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας τής Φ.Ε. για τη νέα σχολική χρονιά 2013-2014. Πρόκειται:
1. Για έναν ακανόνιστο εχίνο από την περιοχή Βουτάκος τής Πάρου, διατηρημένο σε άριστη κατάσταση, δωρεά τού μαθητή τού Α΄ Αρσακείου Δημοτικού Ψυχικού Βασίλη Νικολακόπουλου.
2. Έναν ερωδιό από την περιοχή τής Αχαΐας και ένα γεράκι από την περιοχή τής Ηπείρου, δωρεά των μαθητών Κωνσταντίνας Λιόντου (Α΄ Αρσάκειο Δημοτικό Ψυχικού) και Κωνσταντίνου Λιόντου (Αρσάκειο Νηπιαγωγείο Ψυχικού).
3. Ένα πολύ μικρό καρχαριάκι δωρεά τού πρώην μαθητή τού Σχολείου Θωμά Χατζόπουλου.
4. Έναν σκορπιό από την περιοχή τού Πύργου, δωρεά των μαθητών τού Β΄ Αρσακείου Δημοτικού Ψυχικού Μυρτώς και Παναγιώτη Καπνιστή μαθητών.
Όλα τα εκθέματα είναι ιδιαίτερα χρήσιμα και θα βοηθήσουν στο εκπαιδευτικό έργο τού Μουσείου.